Η Dr. Σοφία Μαφούνη εισήχθη το 1999 στην Στρατιωτική Σχολή Αξιωματικών Σωμάτων και την Οδοντιατρική Σχολή του Αριστοτέλειου Πανεπιστημίου Θεσσαλονίκης, απ’ όπου αποφοίτησε το 2005 με Βαθμό Λίαν Καλώς. Στη συνέχεια, υπήρξε εκπαιδευόμενη για ένα χρόνο στη Γναθοχειρουργική Κλινική και το Οδοντιατρικό Τμήμα του 401 Γενικού Στρατιωτικού Νοσοκομείου Αθηνών (401 Γ.Σ.Ν.Α)  καθώς και στο Προσθετικό Τμήμα του Οδοντιατρείου Φρουράς Αθηνών.          

Το 2006 τοποθετήθηκε ως Διευθύντρια του Οδοντιατρικού Τμήματος του 217 ΚΙΧΝΕ στα Ιωάννινα, ενώ παράλληλα ξεκίνησε τη λειτουργία του ιδιωτικού της οδοντιατρείου στα Ιωάννινα.

Από το 2013 έως και τα τέλη του 2020 η οδοντίατρος κατοικούσε στην Uppsala της Σουηδίας. Στην Uppsala της δόθηκε η ευκαιρία να εργαστεί με μόνιμο συμβόλαιο από το 2016 έως και την επιστροφή της στην Ελλάδα στα τέλη του 2020, στο κεντρικό κρατικό πολυοδοντιατρείο της πόλης το Folktandvården S:t Per Gallerian, εντρυφώντας στο παγκοσμίως γνωστό σουηδικό σύστημα οδοντιατρικής περίθαλψης, αντιμετωπίζοντας πληθώρα σύνθετων περιστατικών που αφορούν σε όλο το φάσμα της σύγχρονης οδοντιατρικής (διάγνωση – κατάρτιση ολοκληρωμένου σχεδίου θεραπείας – θεραπεία / αποκατάσταση) και σε όλο το ηλικιακό εύρος των ασθενών.  Εργάστηκε ιδιαίτερα σε ασθενείς με ανάγκη για ολική στοματική αποκατάσταση με ακίνητη – επιεμφυτευματική ή κινητή προσθετική.

Αναφορά θα πρέπει να γίνει στην εκπαίδευση για την αντιμετώπιση των ασθενών οι οποίοι βιώνουν έντονο άγχος για την οδοντιατρική θεραπεία.

            Επιδίωξη της οδοντιάτρου όταν επέστρεψε από την Uppsala ήταν να μεταφέρει τη γνώση και τις πρακτικές του σουηδικού συστήματος στην Ελλάδα.

Από το 2021 κατέχει τη θέση Επιμελητή στο Προσθετικό τμήμα του Οδοντιατρείου Φρουράς Θεσσαλονίκης όπου αντιμετωπίζει κατά κύριο λόγο εκτεταμένα περιστατικά ολικής στοματικής αποκατάστασης.

Το 2023 η Οδοντίατρος αποτελεί συνιδιοκτήτρια και Επιστημονικά Υπεύθυνη του Οδοντιατρικού Τμήματος του Πρότυπου Οδοντιατρικού, Γναθοπροσωπικού και Εμφυτευματικού Κέντρου « OMS Στόμα-Γνάθος- Πρόσωπο» στην Αγίας Σοφίας, στο κέντρο της Θεσσαλονίκης.

Η οδοντίατρος γνωρίζει αγγλικά, γαλλικά και σουηδικά.